En su juventud y adultez había vivido de batalla en batalla, montado a caballo yendo de un sitio a otro, curando sus heridas de guerra.

Esa vida difícil generó secuelas en su salud las que, con los años, se fueron ahondando y se hicieron de difícil restablecimiento.

A su afección reumática se agregaba la pérdida de la visión producida por cataratas. Esta situación seguramente fue terrible para quien la lectura y la escritura eran uno de sus pasatiempos favoritos. Temió por la ceguera, pero fue tratado por los mejores especialistas y operado con éxito; pero siempre persistió el miedo de perder la vista.

A esas dolencias se sumó una afección estomacal producto de las secuelas del cólera —que lo atacó en dos ocasiones—, haciéndose presente a través de dolorosas convulsiones.

En los primeros días de agosto retornó San Martín desde los baños termales -a los que concurría para aliviar sus dolores reumáticos-  a su casa en Boulogne Sur Mer. Su estado físico era de extrema debilidad, sin embargo continuó con sus actividades cotidianas. Pero, desde el 6 de agosto ya no tuvo fuerzas para levantarse de su lecho. El 17 de agosto a las tres de la tarde, su gran corazón dejó de latir.     

Dejó escrito dos testamentos.

Un testamento data de 1818, previo al inicio de la campaña al Perú. Allí estableció como heredera a su hija Mercedes y decidió que Remedios de Escalada debía administrar y disponer ellos. Resolvió que sus armas se repartieran entre sus cuñados y que con los libros que poseía se organizara una biblioteca en Mendoza.

El otro testamento fue escrito en París, en 1844. En él instituía como heredera de sus bienes a su hija Mercedes, quien debía atender a las necesidades de su tía María Elena y su prima. 

Lega su sable corvo a don Juan Manuel de Rosas, con quien había intercambiado correspondencia y había desarrollado una relación de mutua admiración. Al recibir Rosas la noticia del deceso del Libertador ordenó que la Gaceta de Buenos Aires publicara durante diez días una biografía de San Martín. La biografía apareció firmada por “un argentino”, pero se conoce que el autor fue Bernardo de Irigoyen.

San Martín elogió a Rosas por su desempeño ante los bloqueos francés y anglo-francés que vivió el país y también por haber logrado la pacificación.

Y en la última carta que le envía a Rosas (6 de mayo de 1850) le dice: “[...] como argentino me llena de un verdadero orgullo al ver la prosperidad, la paz interior, el orden y el honor restablecido en nuestra querida Patria; y todos estos progresos efectuados en circunstancias tan difíciles en que pocos Estados se habrán hallado. Por tantos bienes realizados yo felicito a Ud. sinceramente como igualmente a toda la Confederación Argentina. Que goce Ud. de salud completa y al terminar su vida pública sea colmado del justo reconocimiento del pueblo argentino, son los votos que hace y hará siempre a favor de Ud. éste su apasionado amigo y compatriota que besa su mano.” José de San Martín. Correspondencia entre San Martín y Rosas, Buenos Aires: Ediciones del Libertador, 1950, p. 36

Los restos del Libertador reposaron en la bóveda de la familia González Balcarce en el cementerio de Brunoy, Francia.

En el mes de mayo de 1880, los restos de San Martín fueron repatriados y depositados en un mausoleo ubicado en la Catedral de Buenos Aires. Su epitafio reza: "Triunfó en San Lorenzo, afirmó la Independencia Argentina, pasó los Andes, llevó su bandera emancipadora a Chile, al Perú y al Ecuador”.

Conociendo las dificultades que debía encarar, José de San Martín redactó uno de sus testamentos antes de iniciar el Cruce de los Andes y en 1844, residiendo en París y encontrándose mal de salud, escribió otro testamento, el último. Los textos de ambos dan cuenta de sus preocupaciones y voluntad respecto de diferentes aspectos de la vida: afectivos, sociales, económicos y políticos.  

TESTAMENTO ESCRITO EN MENDOZA. 23 DE OCTUBRE DE 1818
TESTAMENTO ESCRITO EN PARIS. 23 DE ENERO DE 1844