El 19 de enero de 1812 San Martín se embarcó en la fragata inglesa Jorge Canning que zarpó desde Londres, acompañado de sus compatriotas Francisco Vera, Francisco Chilavert, Carlos Orellano, Carlos María de Alvear, Jorge Matías Zapiola, Eduardo Holemberg. Casi dos meses después, la fragata, sorteando el bloqueo de Montevideo llevado a cabo por una escuadra española, entró al puerto de Buenos Aires. La Gazeta de Buenos Aires anunció la llegada de los viajeros.

San Martín llegó a la ciudad desvalido de recursos y relaciones; contaba sólo con su foja de servicios en el ejército español y con alguna carta de recomendación que le habían dado en Londres. En cambio, su compañero Carlos María de Alvear era un hombre rico y vinculado a poderosas familias del país.   

Durante el primer tiempo de estadía en Buenos Aires, San Martín no estuvo libre de sospechas de ser un espía del gobierno español y se lo trató como tal, en distintas circunstancias y oportunidades.

José Francisco fue presentado ante los miembros del Triunvirato por los jefes del Estado Mayor del Ejército de Buenos Aires, Francisco Javier de Viana y Marcos Balcarce. El 6 de marzo de 1812 el Triunvirato decretó que, atendiendo a los méritos y servicios de José de San Martín y sus relevantes conocimientos militares, se había decidido conferirle empleo como teniente coronel de caballería y comandante del escuadrón de Granaderos a caballo, de cuya organización debía encargarse, dándole por segundo jefe a Alvear.

San Martín puso en juego sus dotes de organizador. Los elementos para crear el cuerpo de Granaderos, principalmente los caballos, fueron obtenidos por suscripción pública. Según la Gazeta Ministerial, del 8 de septiembre de 1812, Chiclana, Pueyrredón, Rivadavia y otros estaban anotados con seis caballos cada uno. Practicaban en la plaza del Retiro y el jefe en persona enseñaba a sus hombres el manejo del sable, el desarrollo de movimientos tácticos y el arte de la guerra. Había seleccionado a jóvenes de las principales familias de Buenos Aires para prepararlos como jefes y oficiales.

José Francisco estableció rígidas normas de disciplina. En el código de honor de los oficiales del regimiento, establecía que eran considerados delitos: la cobardía en acción de guerra,  hablar mal de otro compañero con personas u oficiales de otros cuerpos, golpear a cualquier mujer aunque hubiera sido insultado por ella, no socorrer en acción de guerra a un compañero que se hallara en peligro, y hacer uso inmoderado de la bebida desprestigiando el honor del regimiento. Un código tan serio contaba con un tribunal excepcional para cuidar su aplicación. Éste consistía en la reunión mensual de oficiales y cadetes en la casa del Comandante del regimiento.

Durante el encuentro, San Martín hablaba a sus hombres acerca de la necesidad de cuidar diariamente el honor y luego, cada oficial pasaba a un cuarto contiguo y escribía -en tarjetas que habían en blanco sobre una mesa- actitudes censurables que hubiera detectado entre sus compañeros. Posteriormente, colocaba las tarjetas en un sombrero y eran leídas por el Comandante. Si se encontraba alguna acusación, se ordenaba al denunciado salir del cuarto y sus compañeros conversaban acerca de la situación.

Se realizaban averiguaciones sobre el hecho denunciado y una comisión de tres oficiales de graduación mayor que el denunciado, daba su veredicto también en forma secreta, firmando cada oficial su tarjeta. Si el acusado era inocente, se lo hacía ingresar al salón y se lo gratificaba. Si resultaba culpable, se le anunciaba que debía dejar el regimiento y que no podía utilizar el uniforme. Con estos procedimientos, el comandante trataba de forjar en sus hombres el culto a la dignidad y al coraje.

Alvear, segundo jefe del Regimiento, se dedicó más al campo de la política, en momentos internos y externos muy convulsionados. A nivel interno, se sucedían en poco tiempo, distintas formas de gobierno colegiado –de la Junta Grande al Triunvirato-. Tanto que en lo externo, se hallaba vacante la titularidad del ejército del Alto Perú debido a la renuncia de Pueyrredón, las fronteras del Alto Perú quedaban a merced del enemigo luego de la derrota del Desaguadero, y Montevideo y las costas del río de la Plata estaban en poder de las fuerzas realistas, apoyadas por las tropas del Brasil.

San Martín, junto a Alvear y Zapiola, fundó en Buenos Aires una filial de la Logia Lautaro o Lautarina que funcionaba en Cádiz y que respondía a la Gran Reunión Americana constituida en Londres por Francisco Miranda. Era una sociedad secreta que perseguía la independencia de Hispanoamérica. Una vez conformada la Logia, sus dirigentes pretendieron influir en el gobierno, ya que ello era una de las condiciones indispensables para extenderse y establecer su predominio.

Estos hombres trabajaron para desplazar del gobierno a Bernardino Rivadavia, quien consideraban un obstáculo para sus planes. Los miembros de la Logia depusieron finalmente a Rivadavia y al primer Triunvirato.

El gobierno que se eligió en su reemplazo estaba conformado por Juan José Paso, Nicolás Rodríguez Peña y Antonio Alvarez Jonte. Pocos días después, se convocó a elecciones para concretar la reunión de la Asamblea General Constituyente conocida como Asamblea del Año XIII.     

El nuevo gobierno debió enfrentar una difícil situación: las fuerzas realistas se habían atrincherado en Salta y en Montevideo, el ejército español dominaba la plaza apoyado por una escuadra bien formada. Se resolvió entonces, dotar a Manuel Belgrano de los elementos necesarios para que batiera a los españoles en Salta y José Rondeau estrechara el sitio de Montevideo hasta rendir la ciudad. A pesar de esas acciones, los españoles dominaban las vías fluviales y hacían desembarcos en puertos aislados de las costas, robando y matando a la población. Por eso, se le ordenó a Belgrano la creación de dos baterías frente a la ciudad Rosario y en Punta Gorda (actualmente Punta Diamante).

La llegada de hombres de armas emigrados de España debido a la situación por la que atravesaba ese país, fue reflejada por los periódicos de la época. A uno de los emigrados, se le reconocerá especialmente su experiencia militar al designarlo a cargo del Regimiento de Granaderos a Caballo, cuya creación debía encarar.  De ello dan cuenta los documentos que presentamos a continuación.

ARRIBO DEL TENIENTE CORONEL DON JOSÉ DE SAN MARTÍN A BUENOS AIRES. 9 DE MARZO DE 1812
NOMBRAMIENTO EXTENDIDO A DON JOSÉ DE SAN MARTÍN DE TENIENTE CORONEL Y COMANDANTE DE GRANADEROS A CABALLO. 16 DE MARZO DE 1812