Al tiempo que San Martín obtuvo la victoria de San Lorenzo, Belgrano batió en Salta a los realistas (20 de febrero de 1813) y la Asamblea del Año XIII -que había iniciado sus sesiones el 31 de enero de ese año- sancionaba la libertad de vientres, la abolición de los títulos de nobleza y las prerrogativas de sangre, eliminaba la inquisición y los tormentos, ordenaba la creación de la escarapela nacional.

Para esta época la Logia Lautaro, en cuyos miembros San Martín depositaba la esperanza de libertar a América del dominio español, empezaba a ensombrecerse al ser puesta al servicio de intrigas e intereses personales.

Carlos Maria de Alvear, mientras San Martín llevaba a los granaderos a la victoria, trataba de cosechar honores.

Por entonces, Belgrano había invadido el Alto Perú y era derrotado en Vilcapugio y Ayohuma (octubre y noviembre de 1814). Cuando estas noticias se conocieron en Buenos Aires, las autoridades decidieron nombrar a San Martín, general en jefe del Ejército del Alto Perú.

Llegado al noroeste, San Martín y Belgrano se encontraron en la Posta de Yatasto donde mantuvieron una conversación que sellaría su amistad.

Después de reorganizar las tropas del Ejército del Norte durante cuatro meses, José Francisco solicitó una licencia para recuperarse en Córdoba de dolencias que lo aquejaban. Una vez allí, pidió al gobierno central ser designado como gobernador de Cuyo. Antes de partir a su destino en Mendoza, se entrevistó con Juan Martín de Pueyrredón –designado recientemente Director Supremo por el Congreso- y allí acordaron que el gobierno central iba a apoyar con recursos materiales el Cruce de los Andes.

Cuyo estaba constituido hacia 1814 por los actuales territorios de Mendoza, San Juan y San Luis y su capital era la ciudad de Mendoza. La población era de alrededor de cuarenta mil habitantes. Los primeros días de septiembre de 1814, San Martín reemplazó al gobernador Marcos Balcarce.

Una de las primeras medidas como gobernador de Cuyo fue recorrer los pasos cordilleranos, tanto de Mendoza como de San Juan, con el objetivo de recoger información directa de lo que era posible hacer ante una posible invasión realista. Además, llevó adelante una importante tarea administrativa, ordenó el establecimiento de postas, la mejora de caminos, la construcción de canales para el regadío, mejoras edilicias, la reglamentación del trabajo de los peones en el campo, la vacunación masiva contra la viruela y se interesó por la instrucción pública con el apoyo al funcionamiento del colegio de la Santísima Trinidad y la fundación de una biblioteca.

Estaba en todos los detalles que permitirían hacer progresar la ciudad pero además, trabajó en la idea de crear en Mendoza un ejército disciplinado y fuerte con el cual contener las posibles invasiones de los españoles desde Chile y pasar luego la cordillera buscando el camino hacia Lima, a la que consideraba el eje de la dominación española.

Un tiempo antes del arribo de San Martín a Mendoza, llegaron a la ciudad —deportados desde Chile— el brigadier Juan Mackena, fray Justo Santa María de Oro y otros chilenos, quienes pusieron al gobernador al tanto de lo que acontecía al otro lado de la cordillera. San Martín informó al Director Posadas sobre la situación y le solicitó ayuda para organizar el Ejército de los Andes.

Poco tiempo después de hacerse cargo de la gobernación de Cuyo, San Martín recibió noticias del desastre de Rancagua (octubre de 1814). Recibió además, un pedido de ayuda de parte de José Miguel Carrera y se puso de inmediato en marcha por caminos cordilleranos para organizar el auxilio de los emigrados.

Por ese tiempo, Remedios de Escalada llegó para establecerse junto a su esposo en Mendoza. Al tiempo quedaría embarazada y antes de que San Martín iniciara el Cruce de los Andes, daría a luz a su única hija, Mercedes Tomasa.

Para costear los gastos de la organización del ejército se recaudaron celosamente los impuestos, se impusieron empréstitos forzosos para mejorar las finanzas, se estimularon las donaciones que el pueblo cuyano realizó generosamente. Las donaciones recibidas fueron dinero y joyas, aunque la más notoria fue el trabajo de la población. Los hombres se dedicaron a la confección de armamento a la par que recibían instrucción militar. Las mujeres cosieron uniformes, tejieron ponchos, bordaron banderas. En Mendoza había una importante colonia inglesa, por lo que se estimuló a los extranjeros a prestar colaboración.

San Martín ordenó al coronel Marcos Balcarce iniciar trabajos de fortificación en distintos puntos de la cordillera. Obtuvo que el gobierno central enviara dos batallones de artilleros para que se sumaran al Regimiento de Granaderos. En enero de 1815, fue ascendido al rango de coronel mayor de los Ejércitos Nacionales, cargo que rechazó.

Para esa época tuvo lugar en Buenos Aires la asunción de Carlos María de Alvear como director supremo en reemplazo de Gervasio Posadas. Para San Martín, que conocía a Alvear, aquella era una mala noticia y poniendo como causa su mal estado de salud, solicitó que se le concediera licencia para separarse del gobierno cuyano. El director supremo le concedió la licencia en febrero de 1815 y designó en su reemplazo al coronel Gregorio Perdriel.

Conocida en Mendoza la noticia de la nueva designación, produjo una conmoción y el pueblo se resistió al nombramiento de Perdriel. Este último, avisado de la situación por San Martín, insistió en entrar a la ciudad. Ante la situación, el Cabildo convocó a la población y resolvió insistir en que San Martín se mantuviera en el mando. El comandante quedaba así afianzado en el gobierno de Cuyo con pleno apoyo popular.

Mientras tanto, la Asamblea de 1813, había convocado a la reunión de un Congreso en Tucumán con la finalidad de declarar la independencia y elegir la forma de gobierno del nuevo país. Fue elegido diputado por Mendoza, Tomás Godoy Cruz, con quien el gobernador intercambió correspondencia para instarlo a que apurase la Declaración de la Independencia; eje de la campaña libertadora de los Andes.

Desde la “ínsula cuyana”, José de San Martín exhortaba a los habitantes a incorporarse a las filas del ejército para defender el sistema de libertad contra la que atentaban los realistas, en cuyas manos se encontraba  por entonces el Reino de Chile.
En los documentos que presentamos, podrá advertir la faceta de militar y de político del Libertador.

BANDO DEL CORONEL MAYOR DON JOSÉ DE SAN MARTÍN A LOS HABITANTES DE 11 CUYO. 14 DE AGOSTO DE 1815
CARTA DEL CORONEL MAYOR DON JOSÉ DE SAN MARTIN A DON TOMÁS GODOY CRUZ, EN LA QUE EXPRESA SUS CONVICCIONES REPUBLICANAS, CON RESPETO A LA DECLARACIÓN DE LA INDEPENDENCIA QUE DEBÍA FORMULAR EL CONGRESO. 24 DE MAYO DE 1816
CARTA DEL CORONEL MAYOR DON JOSÉ DE SAN MARTÍN A DON TOMAS GODOY CRUZ, EN LA QUE LE EXPRESA QUE EL CONGRESO HA DADO UN GOLPE MAGIS­TRAL CON LA DECLARACIÓN DE LA INDEPENDENCIA. 16 DE JULIO DE 1816