A comienzos de 1816, la preparación del Ejército de los Andes estaba en marcha. San Martín había establecido su cuartel general en El Plumerillo. En esta época, se creó la maestranza y el parque de artillería, bajo la dirección de fray Luis Beltrán, gran experto en matemática, física y metalurgia. Se instaló un laboratorio con la dirección del  ingeniero José Antonio Álvarez de Condarco y se aprovechó la abundancia de salitre de la zona para la elaboración de pólvora. Con la participación del mecánico chileno, Dámaso Herrera, se transformó el molino de Tejada en Batán, accionado por el sistema hidráulico que poseía. El doctor Diego Paroissien estuvo a cargo de la atención sanitaria y la vicaria castrense, en manos del sacerdote José Lorenzo Güiraldes.

San Martín aún no había oficializado ante el gobierno nacional la campaña sobre Chile. Era  necesario apresurar la organización del Ejército con la incorporación de hombres, el dinero para la adquisición de armas y la obtención de ganado.

San Martín encomendó a Manuel Ignacio Molina para entrevistarse con el Director Supremo. Las gestiones sólo permitieron la obtención de algo de dinero y la incomprensión del gobierno de Buenos Aires, que no tenía esperanzas de que la expedición a través de los Andes pudiera ser posible.

Al ser elegido Director Supremo por el Congreso Nacional el 3 de mayo de 1816 y ante la obstinación de San Martín -con quien mantuvo un encuentro en Córdoba-, Juan Martín de Pueyrredón brindó la ayuda necesaria para que Cuyo se transformara en la forja del Ejército de los Andes al mando del General en Jefe José de San Martín.

El Ejército de los Andes inició la marcha en el verano de 1817. Una empresa difícil, penosa y peligrosa. Atravesaron la Cordillera por huellas que parecían ir culebreando y que descendían casi a pique, por senderos de cornisa que sólo permitían la marcha en fila india, conduciendo a lomo de mula la artillería, las municiones y los víveres. Tuvieron que improvisar trineos para subir por las empinadas pendientes con sus cañones, los que habían sido cubiertos con gruesas capas de lana y forrados con cuero para evitar que en las caídas se destruyeran. Marchaban lentamente, palpando si el terreno era firme, parando e iniciando nuevamente la marcha, cubriéndose de los desmoronamientos y de las nevadas.

Pero no sólo el camino presentaba dificultades. Tuvieron además que soportar el calor calcinante durante el día y el frío extremo durante la noche –en las zonas cercanas a la cumbre se experimenta una importante amplitud térmica-. La falta de agua provocó que San Martín fuera regulando la marcha del Ejército según la disponibilidad de la misma, ya que había que dar de beber a 5000 hombres y 10000 bestias. Tampoco era fácil conseguir pasturas para los animales; sólo se contaba con pastos duros. La tropa acampaba y dormía al aire libre, sobre la montura de los animales; ubicándose en sitios protegidos del viento y cerca de pequeñas surgentes de agua.

San Martín planificó cruzar la cordillera por cuatro puntos a la vez. La columna del norte salió de San Juan al mando de Juan Cabot y cruzó los Andes por el paso de Olivares; después de triunfar en Barraza y Salala, se apoderó de Coquimbo. La que estuvo al mando de Dávila cruzó por el paso de Vinchina y capturó Huayco y Copiapó. Ramón Freyre por el sur cruzaba por el Planchón y dominaba Talca, cortando las comunicaciones del ejército realista de Santiago y Concepción.

Las columnas centrales estuvieron al mando de Gregorio Las Heras y Soler. El primero avanzó por el camino de Uspallata y el valle del río Mendoza y luego de librar acciones en Picheuta y Potrerillos, atravesó el cordón limítrofe por los pasos de Bermejo e Iglesias. El segundo cruzó por el camino de Los Patos, por el Paso de las Llaretas y se enfrentó a los españoles en Putaendo.

El 9 de febrero todo el ejército Libertador se concentró al otro lado de la cordillera, tomando posesión de San Felipe de Aconcagua. Entre tanto, el gobernador español Marcó del Pont ordenó que las fuerzas se concentraran en las cuestas de Chacabuco, con el fin de impedir el avance de las huestes patriotas, cuya llegada lo habían tomado por sorpresa.

Allí se enfrentaron los ejércitos resultando vencidos los realistas, quienes perdieron unos seiscientos hombres, todo el parque, la artillería y una bandera.

Luego del triunfo de Chacabuco, el mismo Marcó del Pont consideró a Chile perdido para la causa realista. Pensó en embarcarse hacia Lima pero fue hecho prisionero por una partida de soldados patriotas. San Martín y sus hombres entraron victoriosos en Santiago donde fue designado Director de Chile, cargo que rehusó para continuar con la campaña libertadora. Fue Bernardo O`Higgins quien se hizo cargo del gobierno chileno.

Parte de las tropas realistas vencidas se dirigieron a Valparaíso desde donde se embarcarían hacia Lima; otras se retiraron hacia el sur, donde fueron concentradas y organizadas por el coronel Ordóñez. Para consolidar la independencia de Chile, San Martín sabía que era necesario impedir que esos contingentes se organizaran. En tal sentido, actuaron Las Heras y O`Higgins, mientras José Francisco se había trasladado a Buenos Aires para solicitar al Director Pueyrredón recursos para llevar a cabo la expedición al Perú.

Al retornar a Chile, San Martín estableció su destacamento en Valparaíso, donde se dedicó a reorganizar el ejército, aumentar sus efectivos y conformar los nuevos batallones.

A fines de 1817, el Virrey Pezuela decidió enviar desde Lima, una fuerte expedición para acabar con el ejército patriota. José Francisco tomó conocimiento de los planes de Pezuela y preparó el combate. Pero en Cancha Rayada fue batido por el enemigo y sufrió la dispersión de sus tropas lo que lo obligó a retirarse del campo de batalla.

La población chilena sintió que la independencia había durado muy poco, que todo se había perdido, pero la revancha vendría en los campos de Maipú, donde las pérdidas realistas fueron unos 1000 muertos, más de 2000 prisioneros, todo el parque y la artillería, cuatro banderas y la caja militar. Quedaba sellada la independencia de Chile y se habría paso la liberación del Perú. 

Los documentos que encontrará a continuación dan cuenta de situaciones que se sucedieron durante la preparación del Cruce de los Andes y la Campaña Libertadora de Chile. En ellos, San Martín expresa la necesidad de hombres para acompañarlo en esa tarea y también da cuenta de las acciones de Chacabuco y Maipú.

PROCLAMA DEL CORONEL MAYOR Y GENERAL EN JEFE DEL EJÉRCITO DE LOS ANDES DON JOSÉ DE SAN MARTÍN A LOS HABITANTES DE CHILE. DICIEMBRE DE 1816
PROCLAMA DEL CORONEL MAYOR DON JOSÉ DE SAN MARTÍN A LOS HABITANTES DE MENDOZA. 1817
BATALLA DE CHACABUCO. OFICIO DEL GENERAL EN JEFE DEL EJÉRCITO DE LOS ANDES DON JOSÉ DE SAN MARTÍN AL SUPREMO DIRECTOR DEL ESTADO, DÁNDOLE CUENTA DEL, ÉXITO OBTENIDO EN LA BATALLA DE LOS LLANOS DE CHACABUCO. 12 DE FEBRERO DE 1817
BATALLA DE MAIPÚ. OFICIO DEL GENERAL EN JEFE DEL EJÉRCITO DE LOS ANDES DON JOSÉ DE SAN MARTÍN AL SUPREMO DIRECTOR DE LAS PROVINCIAS UNIDAS DE SUD AMÉRICA, DÁNDOLE NOTICIA DEL ÉXITO DE LA BATALLA DE MAIPÚ. 5 DE ABRIL DE 1818
HIMNO AL LIBERTADOR GENERAL SAN MARTÍN